こちらの記事にキーボードレイアウトとオプションの追加方法が説明されている。

ここではキーボードオプションを追加する。 以下のような内容で3つのファイルを作成すると、Gnome Tweaks にオプションが現れる。 オプションをオン/オフすると即座に反映される。

fujii@fedora $ cat ~/.config/xkb/rules/evdev
! option = symbols
  custom:fujii = +custom(fujii)

// Include the system 'evdev' file
! include %S/evdev
fujii@fedora $ cat ~/.config/xkb/rules/evdev.xml
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE xkbConfigRegistry SYSTEM "xkb.dtd">
<xkbConfigRegistry version="1.1">
  <optionList>
    <group allowMultipleSelection="true">
      <configItem>
        <name>custom</name>
        <description>custom options</description>
      </configItem>
      <option>
        <configItem>
          <name>custom:fujii</name>
          <description>Henkan/Muhenkan as Ctrl, Katakana/Hiragana as Alt</description>
        </configItem>
      </option>
    </group>
  </optionList>
</xkbConfigRegistry>
fujii@fedora $ cat ~/.config/xkb/symbols/custom
partial modifier_keys
xkb_symbols "fujii" {
  key <MUHE> { [ Control_L ] };
  key <HENK> { [ Control_R ] };
  modifier_map Control { <MUHE>, <HENK> };
  key <HKTG> { [ Alt_R ] };
};

Gnome Tweaks の screenshot

親指コントロール

Emacs ユーザが減って親指コントロール派が減ってしまい寂しい限りです。